Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων εκπαιδεύει την επόμενη γενιά στελεχών επιχειρήσεων και οργανισμών σε τομείς αιχμής, όπως οικονομική των επιχειρήσεωνχρηματοοικονομική ανάλυση και διοίκηση, ελεγκτική, διαχείριση ανθρωπίνων πόρων, επιχειρησιακών λειτουργιών και εφοδιαστικής αλυσίδας, μάρκετινγκ, διοίκηση τουρισμού, διαχείριση καινοτομίας, ποσοτικές μέθοδοι, κλπ.
Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι το πρώτο Τμήμα του Πανεπιστημίου Αιγαίου που δέχθηκε φοιτητές και φοιτήτριες και άρχισε να λειτουργεί σε προπτυχιακό επίπεδο το ακαδημαϊκό έτος 1985–1986. Διανύοντας την τέταρτη δεκαετία της λειτουργίας του, έχει απονείμει περισσότερα από 1.486 πτυχία, 784 μεταπτυχιακά διπλώματα ειδίκευσης και 79 διδακτορικά διπλώματα.
Το Πρόγραμμα Σπουδών του Τ.Δ.Ε. δίνει δυνατότητα επιλογής συνδυασμού μαθημάτων, σύμφωνα με τις προσωπικές προτιμήσεις και τον επαγγελματικό προσανατολισμό του κάθε φοιτητή και της κάθε φοιτήτριας, στο πλαίσιο των ακόλουθων κατευθύνσεων:
- Διοίκηση
- Λογιστική και Χρηματοοικονομική
- Τουρισμός