Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Οικολογική Μηχανική-Ενέργεια & Κλιματική Αλλαγή» (πρώην ΠΜΣ «Θεοφράστειο: Περιβαλλοντική & Οικολογική Μηχανική, 2003-2018) οδηγεί σε μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στην «Οικολογική Μηχανική-Ενέργεια και Κλιματική Αλλαγή», «M.Sc. in Ecological Engineering-Energy and Climatic Change». Το ΠΜΣ επανιδρύθηκε το έτος 2018-2019 (ΦΕΚ 2822/Β’/16.7.2018).
Αποστολή του είναι η κατάρτιση των Φοιτητών του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης σε θέματα Οικολογικής Μηχανικής, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, με στόχο την απόκτηση δυνατοτήτων εφαρμογής της σχετικής τεχνολογίας καθώς και της ανεξάρτητης και αυτόνοµης προαγωγής της επιστήμης, της έρευνας, και της τεχνολογίας. Οι απόφοιτοι του συγκεκριμένου Προγράμματος εκπαιδεύονται επίσης για να παραμείνουν παραγωγικοί σ’ ένα περιβάλλον ταχέως μεταβαλλόμενης επιστήμης και τεχνολογίας.