Το ΠΜΣ «Γλωσσολογία Νοτιοανατολικής Μεσογείου» αποσκοπεί στην ανάπτυξη βασικής και εφαρμοσμένης έρευνας στη Γλωσσολογία της Νοτιοανατολικής Μεσογείου με βάση τα πορίσματα της σύγχρονης επιστήμης σε διεθνές επίπεδο. Παράλληλα, στοχεύει:
στην προώθηση της διεπιστημονικής συζήτησης σε γλωσσικά θέματα που σχετίζονται με την περιοχή της Νοτιοανατολικής Μεσογείου
στη δημιουργική αξιοποίηση του επιστημονικού δυναμικού του Τμήματος
στην παροχή υψηλού επιπέδου εκπαίδευσης που θα συνδυάζει θεωρητικό υπόβαθρο και ανάπτυξη δεξιοτήτων για βελτιστοποίηση των επαγγελματικών ικανοτήτων των αποφοίτων και τέλος
στην ανάπτυξη, καλλιέργεια και εμβάθυνση του επιστημονικού διαλόγου με ιδρύματα και ερευνητικά κέντρα της ημεδαπής και της αλλοδαπής όπου θεραπεύονται συναφείς πειθαρχίες.