Το Τμήμα Πληροφορικής της Σχολής Επιστήμης της Πληροφορίας και Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2018−2019 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Ερευνητικές Κατευθύνσεις στην Πληροφορική» (ΦΕΚ 1530/04.05.2018, τ. B’) με έδρα το Τμήμα Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου (Κέρκυρα).
Αντικείμενο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) είναι η εξειδίκευση και η έρευνα σε προηγμένα ζητήματα της επιστήμης της Πληροφορικής όπως τα πληροφορικά συστήματα, δίκτυα επικοινωνιών, τεχνητή νοημοσύνη, επεξεργασία δεδομένων, διαχείριση γνώσης, υπολογιστικά ζητήματα, συστήματα αποφάσεων, ψηφιακή επιχειρηματικότητα, στοχαστικές διαδικασίες, βιοπληροφορική, συνεργατικά συστήματα, ασφάλεια και ιδιωτικότητα συστημάτων, κβαντικός υπολογισμός, παράλληλη και κατανεμημένη επεξεργασία.
Σκοπός του ΠΜΣ είναι να παράσχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές τη γνώση που είναι απαραίτητη ώστε να εμβαθύνουν σε ειδικά ζητήματα της επιστήμης της πληροφορικής και να αναπτύξουν υψηλού επιπέδου επιστημονική σκέψη με ερευνητικό προσανατολισμό. Με τον τρόπο αυτό θα αποκτήσουν σημαντικά επιστημονικά εφόδια που θα τους βοηθήσουν να εξελιχθούν είτε ως ερευνητές είτε ως δραστηριοποιούμενοι σε άλλους τομείς (επιστημονικούς, επαγγελματικούς κ.ά.). οι φοιτητές παρακολουθούν σεμιναριακά μαθήματα, ενώ στο χειμερινό εξάμηνο του δεύτερου έτους εκπονούν Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία. Στο τέλος των σπουδών κάθε φοιτητής οφείλει να έχει συγκεντρώσει συνολικά 90 πιστωτικές μονάδες (30 στο χειμερινό εξάμηνο, 30 στο εαρινό εξάμηνο και 30 από την εκπόνηση της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας).